11 Genomes Statistics Accessing From: 38.107.191.81

Data ----------------- Genome Projects Models, Overviews Contigs, G+C%, Kb Function statistics Gene Context statistics Pathway statistics Cluster Statistics ----------------- Ortholog Clusters Chromosome Clusters Query ----------------- By Keywords By Sequence By Pattern By Protein Properties By User Annotation Help ----------------- How to Contact Us ERGO Overview Getting Started

All Organisms ->   Data ----------------- Overall statistics ----------------- Ortholog Clusters Query ----------------- By Keywords By Sequence By Pattern By Protein Properties By User Annotation

Protein Page for RRC00179 from Rhodobacter capsulatus

Examine RRC00179  View Annotations   Local Blast (NR) -- Protein   Local Blast (NR) -- DNA   Function Tree   Possible Fusion Event   Paralogs   Paralog Cluster   Pinned Regions   Related Pinned Regions  External Tools  TMPred   REBASE   ProtScale   PSI-Blast (NR)   RPS-Blast (NR)   EBI NCBI BLAST2   ProSite   ProDom Analysis   EBI InterPro (Pfam) Scan   COG Analysis   CDART Analysis  Examine Checked  Annotations   Contig Regions   Amino Acid:     AA Sequences     AA Align     AA Align Jalview     Distance Matrix     Domain Analysis    DNA:      bp upstream      bp downstream     DNA Sequences     DNA Align     DNA Align Jalview     DNA vs one AA Align

Primary Information for RRC00179 Rhodobacter capsulatus Aliases None Contig Location Contig0002 from 3,226,583 to 3,223,593; contig length = 3,738,230 bp AA Residues, DNA 997 aa,  2,991 bp Amino acid count A 109, C 26, D 61, E 54, F 31, G 82, H 27, I 37, K 27, L 70, M 25, N 32, P 62, Q 30, R 81, S 42, T 85, V 76, W 15, Y 25 Biochemical Properties MW: 109,057 Da,   pI: 6.911 GC content 66.17%,  entire genome value = 66.56%,  difference = -0.39%    Function  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit (fdsA) (EC 1.2.1.2) EC 1.2.1.2 Links Enzyme Commission, Expasy, KEGG Maps   Contig Region for RRC00179 Neighboring Genes   Pathway Information for RRC00179 Status Name Possible Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - Reference pathway Possible Methane metabolism - Reference pathway   External Annotations for RRC00179 User Model C Annotation NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit (fdsA) (EC 1.2.1.2) COGs Uncharacterized anaerobic dehydrogenase Pfam Domains Molybdopterin oxidoreductase Molydopterin dinucleotide binding domain Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain 4Fe-4S binding domain    Annotate RRC00179  Similarities between RRC00179 and Proteins (all) from All Organisms (72 shown, more available)  View:  || Proteins (all)  || Proteins (internal IDs)  || Proteins (external IDs)  Switch Groups All Organisms Bacteria Archaea and Bacteria Archaea and Bacteria and Plasmids Bacteria and Plasmids Archaea and Bacteria and Eukaryotes Bacteria and Eukaryotes IG Organisms Completed and Published More Than 90% Complete Phenotypes Actinobacteria Alpha Purple Anaerobe Biotechnology Applications Bioterrorism Cyanobacteria Delta Purple Fusobacteria Gamma Purple Global carbon cycling Gram Negative Gram Positive Pathogen Photosynthetic  I    D    I    Prot. ID    T    P-Score    SW    <-    Match    ->    Len.    Function    Organism Name    Aliases    Best Match    Best Score           pirnr|NF00614709   q   ~ 0   3853      4   959   Probable NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit protein (EC 1.2.1.2)   Sinorhizobium meliloti                    tr|Q92LN1   q   ~ 0   3853      4   959   Probable NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit protein (EC 1.2.1.2)   Rhizobium meliloti                    tr|Q8U6U8   q   ~ 0   3846      4   973   Formate dehydrogenase alpha subunit   Agrobacterium tumefaciens                    gi|11545455   q   ~ 0   3839      4   959   NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit   Sinorhizobium meliloti                    tr|Q9EZD3   q   ~ 0   3839      4   959   NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit   Rhizobium meliloti                    tn|BAC48401   q   ~ 0   3704      3   957   Formate dehydrogenase alpha subunit   Bradyrhizobium japonicum                    pirnr|NF00610860   q   ~ 0   3532      3   970   NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit   Mesorhizobium loti                    tr|Q98BW9   q   ~ 0   3532      3   970   NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit   Rhizobium loti                    tn|AAN67798   q   ~ 0   2907      10   960   Formate dehydrogenase, alpha subunit, putative   Pseudomonas putida                    tr|O87815   q   5.80e-230   1772      9   959   NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit (EC 1.2.1.2)   Alcaligenes eutrophus                    pirnr|NF00684604   q   5.80e-230   1772      9   959   NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit (EC 1.2.1.2)   Ralstonia eutropha                    tr|Q93V06   q   6.70e-166   1258         893   FdhA-I protein   Eubacterium acidaminophilum                    pirnr|NF00479029   q   1.10e-164   1248         893   FdhA-I protein   Eubacterium acidaminophilum                    tr|P77908   q   1.40e-130   1002         893   Formate dehydrogenase alpha subunit (EC 1.2.1.43)   Moorella thermoacetica                    tr|Q8X5S0   q   3.70e-118   911      9   715   Formate dehydrogenase   Escherichia coli O157:H7                    gi|396414   q   1.90e-117   905      9   715   formate dehydrogenase-H alpha subunit   Escherichia coli                    nrl|1AA61   q   4.80e-117   901         657   formate dehydrogenase (EC 1.2.1.2) formate hydrogen lyase (fhl) complex reduced form (mo(iv),fe4s4(red)) of fdh-h, fragment 1   Escherichia coli                    pirnr|NF00701327   q   6.10e-117   901      9   715   formate dehydrogenase [imported]   Escherichia coli                    gi|3868721   q   6.50e-117   901      9   715   selenopolypeptide subunit of formate dehydrogenase H   Escherichia coli K12                    gi|145912   q   7.10e-117   901      9   715   formate dehydrogenase   Escherichia coli                    pirnr|NF01133779   q   2.20e-116   897      9   715   Formate dehydrogenase H   Escherichia coli                    tr|Q8Z1Q0   q   2.10e-115   890      9   715   Formate dehydrogenase H (EC 1.2.1.2)   Salmonella typhi                    pirnr|NF00479061   q   1.60e-115   888         897   FdhA-II protein   Eubacterium acidaminophilum                    tr|Q93V05   q   2.10e-115   888         897   FdhA-II protein   Eubacterium acidaminophilum                    tr|Q8ZKE7   q   2.70e-115   888      9   715   Formate dehydrogenase (EC 1.2.1.2)   Salmonella typhimurium                    pirnr|NF00807022   q   3.50e-114   880      9   715   formate dehydrogenase (EC 1.2.1.2)   Salmonella enterica                    tr|Q9HM26   q   1.10e-103   786         735   Probable formate dehydrogenase, alpha subunit   Thermoplasma acidophilum                    sp|P07658   q   3.00e-100   774      9   559   Formate dehydrogenase H (EC 1.2.1.2)   Escherichia coli                    tn|AAN83508   q   4.90e-99   765      9   559   Formate dehydrogenase H   Escherichia coli O6                    sp|P06131   q   8.80e-94   730         684   Formate dehydrogenase alpha chain (EC 1.2.1.2)   Methanobacterium formicicum                    tr|Q97CU9   q   1.80e-91   700         669   Formate ferredoxin oxidoreductase   Thermoplasma volcanium                    tn|AAN54062   q   2.40e-88   693   440      1,428   Formate dehydrogenase, alpha subunit   Shewanella oneidensis                    tn|AAO08247   q   2.70e-87   687   419      1,399   NADPH-dependent glutamate synthase beta chain   Vibrio vulnificus                    pirnr|NF00415684   q   6.90e-88   686         681   FdhA   Methanothermobacter thermautotrophicus                    tr|Q50569   q   6.90e-88   686         681   FdhA   Methanobacterium thermoformicicum                    tr|Q9HL15   q   2.10e-88   682   12   19   1,030   Formate dehydrogenase related protein   Thermoplasma acidophilum                    tr|O34720   q   1.30e-87   679      27   985   Formate dehydrogenase alpha subunit homolog   Bacillus subtilis                    tr|Q97V13   q   3.10e-88   675      21   979   Formate dehydrogenase alpha subunit (EC 1.2.1.2)   Sulfolobus solfataricus                   RSYN02138   q   6.10e-88   675         536   NADP-dependent formate dehydrogenase alpha subunit (EC 1.2.1.43)   Syntrophus sp.   SYN_02138; YP_461126.1; gi|85858924; GeneID:3883909                tr|Q97C62   q   1.50e-86   669      19   981   Formate hydrogenase   Thermoplasma volcanium                    pirnr|NF01002093   q   2.20e-84   655      19   979   molybdopterin, Molybdopterin oxidoreductase   Bacillus anthracis                   RBAT04501   q   2.40e-84   655      19   975   Formate dehydrogenase alpha chain (EC 1.2.1.2)   Bacillus anthracis A2012   gi|65320849; COG: COG3383; Bant_01004284; ZP_00393808.1                tr|Q8KTI7   q   5.30e-82   655   4      989   Tungsten-containing formate dehydrogenase alpha subunit   Methylobacterium extorquens                   RZC07753   q   3.20e-84   654      19   979   Formate dehydrogenase alpha chain (EC 1.2.1.2)   Bacillus cereus ATCC 14579 (IG-20)   BC3573; NP_833305.1; gi|30021674; GeneID:1205918                RBTH01693   q   1.30e-84   653      43   602   Formate dehydrogenase alpha chain (EC 1.2.1.2)   Bacillus thuringiensis israelensis ATCC-35646 (IG-59)                  RZC07024   q   4.00e-84   651      18   978   Formate dehydrogenase alpha chain (EC 1.2.1.2)   Bacillus cereus ATCC 14579 (IG-20)   BC0589; NP_830406.1; gi|30018775; GeneID:1202941                tr|O05397   q   1.30e-83   651      18   980   Putative formate dehydrogenase, alpha subunit (EC 1.2.1.2)   Bacillus subtilis                   RBTH08695   q   3.80e-84   650      18   692   Formate dehydrogenase alpha chain (EC 1.2.1.2)   Bacillus thuringiensis israelensis ATCC-35646 (IG-59)                  RBAT01275   q   4.00e-84   647      18   483   Formate dehydrogenase alpha chain (EC 1.2.1.2)   Bacillus anthracis A2012   gi|65318012; COG: COG3383; Bant_01001230; ZP_00390971.1                pirnr|NF01002587   q   7.80e-84   647      18   466   molybdopterin, Molybdopterin oxidoreductase   Bacillus anthracis                    tr|O27595   q   1.20e-81   642         865   Putative formate dehydrogenase, alpha subunit (EC 1.2.1.2)   Methanobacterium thermoautotrophicum                    pirnr|NF00414683   q   1.20e-81   642         865   probable formate dehydrogenase (EC 1.2.1.2) alpha chain   Methanothermobacter thermautotrophicus                    tn|BAC47582   q   3.90e-81   642         922   Formate dehydrogenase alpha subunit   Bradyrhizobium japonicum                    tr|Q8Y469   q   3.40e-82   640      36   995   Hypothetical protein lmo2586   Listeria monocytogenes                    tr|Q976V8   q   1.00e-79   613      23   973   Putative formate dehydrogenase alpha subunit   Sulfolobus tokodaii                    tr|Q8ZIZ0   q   8.40e-76   601      9   715   Formate dehydrogenase H (EC 1.2.1.2)   Yersinia pestis                    tr|Q927Q7   q   3.00e-73   574      37   995   Hypothetical protein lin2731   Listeria innocua                   RSYN00629   q   5.60e-71   555         527   NADP-dependent formate dehydrogenase alpha subunit (EC 1.2.1.43)   Syntrophus sp.   SYN_00629; YP_460188.1; gi|85857986; GeneID:3884938                pirnr|NF00866667   q   9.10e-73   554         673   Formate dehydrogenase   Methanocaldococcus jannaschii                    pirnr|NF00182156   q   1.00e-72   554         686   formate dehydrogenase (EC 1.2.1.2) alpha chain MJ1351 [similarity]   Methanocaldococcus jannaschii                    pir|A59348   q   1.00e-72   554         686   formate dehydrogenase (EC 1.2.1.2) alpha chain MJ1351 [similarity]   Methanococcus jannaschii                    tr|Q99RW4   q   2.70e-69   540      29   984   Hypothetical protein SA2102   Staphylococcus aureus                    tr|Q931G2   q   3.60e-69   539      29   984   Formate dehydrogenase homolog   Staphylococcus aureus                   RVFI04674   q   3.60e-63   502   404      1,170   NADP-dependent formate dehydrogenase beta subunit (EC 1.2.1.43) / NADP-dependent formate dehydrogenase alpha subunit (EC 1.2.1.43)   Vibrio fischeri ES114 (IG-30)   VFA0251; YP_206209.1; gi|59713434; GeneID:3281012                tr|O05280   q   6.60e-61   474         241   Formate dehydrogenase H   Enterobacter aerogenes                    tr|Q99RW4   q   7.60e-58   456      31   984   Hypothetical protein SA2102   Staphylococcus aureus                    tr|Q8P7E7   q   2.30e-49   401      22   990   Formate dehydrogenase related protein   Xanthomonas campestris                    tr|Q9ZBV7   q   1.20e-47   396         642   Putative respiratory chain oxidoreductase   Streptomyces coelicolor                    tr|Q8TYH8   q   5.80e-46   379         549   Selenocysteine-containing anaerobic dehydrogenase   Methanopyrus kandleri                   RSYN02137   q   1.60e-45   361         352   NADP-dependent formate dehydrogenase alpha subunit (EC 1.2.1.43)   Syntrophus sp.   SYN_02137; YP_461125.1; gi|85858923; GeneID:3883908                tr|Q8RBC8   q   4.00e-42   338         581   NADH dehydrogenase/NADH:ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit   Thermoanaerobacter tengcongensis                    sp|P95175   q   2.00e-31   276         806   NADH-quinone oxidoreductase chain G (EC 1.6.99.5)   Mycobacterium tuberculosis